Списък с институтите от Академията, с които основни звена на Югозападния университет „Неофит Рилски” сътрудничат и биха могли да сътрудничат по теми от взаимен интерес в областта на научните и научноприложните изследвания:
Природо-математически факултет:
- Институт по математика и информатика;
- Институт за космически изследвания и технологии;
- Национален институт по геофизика, геодезия и география;
- Институт по биоразнообразие и екосистемни изследвания;
- Институт по молекулярна биология;
- Институт по органична химия;
- Институт по информационни технологии (бивш ИПОИ – Институт по паралелна обработка на информацията);
- Институт по ядрени изследвания и ядрена енергетика;
- Институт по физика на твърдото тяло;
- Институт по електроника.
Стопански факултет:
- Институт за икономически изследвания.
Филологически факултет:
- Институт за литература;
- Институт за етнология и фолклористика с Етнографския музей;
- Институт за български език.
Правно-исторически факултет:
- Институт за държавата и правото;
- Институт за балканистика с център по тракология;
- Институт за исторически изследвания;
- Институт за изследване на обществата и знанието;
- Институт за български език.
Технически колеж:
- Институт по информационни и комуникационни технологии;
- Институт по електроника.
Факултет по обществено здраве и спорт:
- Институт по молекулярна биология;
- Институт по невробиология;
- Институт по биофизика и биомедицинско инженерство;
- Институт по математика и информатика;
- Институт по механика;
- Институт по органична химия с център по фитохимия;
- Институт по експериментална морфология, патология и антропология с музей;
- Институт по биология и имунология на размножаването;
- Институт по физиология на растенията и генетиката.
Философски факултет:
- Институт за изучаване на обществата и знанието.
Факултет по изкуствата:
- Институт за изследване на изкуствата;
- Институт по литература;
- Национален археологически институт с музей;
- Институт за балканистика с Център по тракология;
- Институт за космически изследвания и технологии – Филиал Стара Загора;
- Институт за етнология и фолклористика с Етнографския музей;
- Институт за изследване на обществото и знанието.